Mikkelin kaupunginorkesterin edeltäjä, Mikkelin Orkesteri, perustettiin vuonna 1903. Tästä maan vanhimmasta harrastajaorkesterista muodostettiin myöhemmin edelleen yhdistyspohjainen runko-orkesteri.

Vuonna 1990 orkesteri kunnallistettiin 12 josoittajan vahvuisena kokoonpanolla. Viimeiset viisi vuotta soittajisto on keskittynyt tiiviisti nimenomaan jousiorkesterille sävellettyyn musiikkiin ja herättänyt huomiota sekä ohjelmistovalinnoillaan että valmiuksillaan yhteistyöhön mm nuorten säveltäjien kanssa.

Konserttiohjelmiston monipuolistamiseksi orkesteri tekee kuitenkin myös laajalti yhteistyötä. Mikkelin Ooppera, musiikkiopisto ja Savon Sotilassoittokunta ovat kausittain mukana suunnitelmissa. Kirkkoteoksia kaupunginorkesterin kanssa toteuttamaan on perustettu Mikkelin Oratoriokuoro, taidemuseo puolestaan on epätavallisistakin hankkeista kiinnostunut kumppani ja yhteiskonsertit muiden kaupunginorkestereiden kanssa ovat säännöllistyneet.

Orkesterin tilaus- ja maakuntakonsertit ovat lisääntyneet tasaiseen tahtiin. Pieni jousisto on vaivaton liikuteltava ja kykenee täysipainoiseen konsertointiin myös ilman kapellimestaria.

Kaupunginorkesterin ensimmäinen levy ilmestyi 2002 Alba Recordsin kautta ja sisältää puolalaista musiikkia Tadeusz Wicherekin johtamana. Toinen, Leif Segerstamin kanssa nauhoitettu äänite ilmestyi alkuvuodesta 2005. Kolmas levy ilmestyi elokuussa 2007. Se sisältää Daniel Raiskinin johdolla Blochin ja Busonin musiikkia, pianistina Risto Laurila.

Elokuussa 2008 julkaistaan Mikkelin kaupunginorkesterin uusin cd, jolla kuullaan Kauko Röyhkän kappaleita jousiorkesterisovituksina.  Kappaleet on sovittanut Vellu Halkosalmi, joka myös toimii kapellimestarina.  Ja solistina luonnollisesti on Kauko Röyhkä itse.