Den historien av S:t Michels region är känt från början av 1000-talet. Region var redan då ett verksamt marknadsområde och centrum av östra Finland. På 1500-talet platsen nämndes efter Sankt Michel. S:t Michels stad grundades 1838.   

S:t Michel har varit en regional huvudstad sedan 1843. Nuförtiden är staden residensstad i Östra Finlands län. År 2001sammanslog S:t Michel stad samt kommunerna S:t Michels landskommun och Anttola till den nya storkommunen och staden S:t Michel.

S:t Michel har spelat en viktig roll i Finlands historia eftersom huvudstaben av Finlands försvarsmakt låg där under krigstider 1939-40 och 1941-44. Det är alltjämt möjligt att känna den viktigheten och närvaron av marskalk C.G.E. Mannerheim i staden. Det finns ännu några intressanta minnesmärker från den här tiden som ställas ut till exempel i museer och utställningar.