Vanhimmat löydetyt merkit asutuksesta Mikkelin seudulla ovat kivikauden kampakeraamiselta kaudelta 4000–2000 eaa. Tältä aikakaudelta tunnetut löydöt koostuvat asuinpaikoista.
Merkitys nousi 1700-luvulla
Suur-Savon pappilan tienoo oli jo keskiajalla tärkeä etappi Vanhan Savontien varrella. 1600-luvun alussa syrjäytyi Suur-Savo-nimitys Mikkelin kirkon suojelupyhimyksen arkkienkeli Mikaelin tieltä. Ensimmäisen kerran Mikkelin nimi esiintyy nähtävästi vuonna 1604 Ruotsin kuninkaallisessa registratuurassa eli kirjeenvaihtokokoelmassa.
Mikkelin merkitys alkoi nousta 1700-luvun alussa sotien johdosta. Väliaikaiset piispan sijoituspaikat määrättiin Porvooseen ja Mikkeliin, kun Ruotsi menetti vuonna 1710 Viipurin venäläisille. Merkittävää Mikkelin seudun kehitykselle oli se, että valtiovalta suunnitteli siitä itäisen Suomen taloudellisena keskuksena. Mikkeli sai vuonna 1744 Lappeenrannan vanhat markkinaoikeudet. Mikkelin perustamista kauppalaksi suunniteltiin Turun rauhan jälkeen ja myöhemminkin 1700-luvulla, mutta nämä hankkeet raukesivat vielä toistaiseksi.
Vuonna 1770 perustettu Savon Jääkärirykmentti piti harjoituskokouksensa Mikkelissä ja kun savolaiset joukko-osastot muodostettiin vuonna 1775 Savon Prikaatiksi, Mikkeli säilytti keskeisen asemansa. Kustaa III:n Venäjän sodan 1788–90 aikana Mikkelin merkitys korostui liikenneyhteyksien solmukohtana ja strategisesti tärkeänä paikkana. Mikkelin sotilaallisen merkityksen kasvamisesta kertovat myös suunnitelmat Naisvuoren ja Akkavuoren linnoittamisesta ja kuningasvierailut Mikkelissä Ruotsinvallan lopulla. Sekä Kustaa III että Kustaa IV Adolf kävivät Mikkelissä.
Mikkelin kaupunki perustetaan
Suomesta tuli vuonna 1809 Venäjän suuriruhtinaskunta, jolloin oli tarvetta uudelle läänijaolle. Vuonna 1831 silloisen Kymenkartanon läänin pohjoisosasta muodostettiin keisari Nikolai I:n aikana Mikkelin lääni. Keisari Nikolai I antoi julistuksen 7. maaliskuuta 1838 Mikkelin pitäjään perustettavasta kaupungista, jota oli kutsuttava Mikkeliksi. Oman vaakunan kaupunki sai helmikuussa 1842 nähtävästi kuvernööri Otto Boijen (1840–47) suunnittelemana.
Sotiemme päämajakaupunki
Historiassa Mikkeli on ehkä kaikkein tunnetuin sotiemme aikana päämajakaupunkina. Ensimmäisen kerran se toimi päämajakaupunkina sisällissodan loppuvaiheessa 11.4.–16.5.1918, jolloin hallituksen joukkoja johtanut kenraali Mannerheim siirsi päämajan Pohjanmaalta Mikkeliin rintaman siirtyessä Tampereen valtauksen jälkeen kohti Karjalaa.
Marraskuussa 1939 alkanut talvisota merkitsi Mikkelille keskeistä asemaa, kun Suomen armeijan päämaja siirrettiin sinne. Mikkeli sopi sodan johdon kokonaisstrategian kannalta johtokaupungiksi. Sitä se oli myös jatkosodan aikana 25.6.1941–19.9.1944. Lapin sota johdettiin Mikkelistä, ja viimeiset pääesikunnan osastot poistuivat kaupungista kesällä 1945.
Vahva maakuntakeskus
Mikkeli oli Itä-Suomen läänin pääkaupunkina vuosina 1997–2009. Sittemmin kuntaliitosten jälkeen Mikkelistä on kehittynyt vahva Etelä-Savon maakuntakeskus. Viimeisimpinä Mikkeliin liittyivät vuonna 2013 Ristiina ja Suomenniemi.
Tutustu Mikkelin seudun historiaan tarkemmin Mikkelin seutuwikissä.